De Groene Marathon staat niet alleen. In Rotterdam zijn veel lokale buurt- en belangengroepen op het gebied van recreatie en natuur actief. Door samen te werken met deze kleine en grote initiatieven is er extra menskracht beschikbaar. Bovendien levert samenwerking duurzame draagkracht op. Twee delen van de route krijgen hierbij bijzondere aandacht: Dwars-door-Zuid (IJsselmonde/Feyenoord/Charlois) en Traject West (Bospolder/Spangen). Daarnaast wordt het team van De groene Marathon ondersteund door verschillende professionals en belangengroepen.